由於卡介苗是減毒活菌疫苗，目前國內接種的卡介苗均由本國自行製造，每年製備約2萬4千瓶(30劑量/瓶)，因其為活菌疫苗，故須避光且開瓶後必須於2小時內使用，倘未使用完，即須丟棄，而施打卡介苗者皆須為接受過訓練之護理人員。部分兒童在接種後，可能發生局部膿瘍、淋巴結炎等較常見但不嚴重的不良反應，極少數幼童可能發生較嚴重的副作用，如：骨炎、骨髓炎等。以上的副作用由於是減毒疫苗株造成，經過醫療照顧後，幼童多半能恢復正常生活。
我國監測資料顯示，卡介苗骨髓炎發生比率約百萬分之56，較世界衛生組織估計的百萬分之700為低，因此家長對於接種過卡介苗之幼童於年齡2至3歲間，倘出現骨髓炎的症狀(例如：局部腫脹、肢體無力、步態不穩等)，即應儘速帶該幼童至小兒科進行診療評估，並於就診時告知醫師卡介苗接種時間，以提醒醫師於診療時將該因素納入評估。衛福部結核病防治諮詢委員會議建議，即使有少數嚴重副作用的發生，權衡結核病在幼童有致死及導致失能的嚴重後果，建議仍應依照世界衛生組織的建議，按時程接種卡介苗。
若有個案因接種卡介苗引起不良反應，衛生單位會協助家屬依「預防接種受害救濟基金徵收及審議辦法」申請救濟，儘速提供民眾獲得到適當的協助與實質的救濟。再次呼籲，為保護幼童健康，並避免產生相關疾病的後遺症，仍應按時接種卡介苗，遠離結核病的威脅。