台南市第116期永康大灣自辦市地重劃案傳出施工單位浮報工程費用支出以詐領抵費地，影響地主權益，台南地檢署共傳喚15人，3人在訊後交保。另外，林燕祝在議會質詢時，也針對自辦市地重劃問題，要求市府檢討。
林燕祝指出，她曾收到陳情指稱，在某件土地自辦重劃案展開前夕，一名參與重劃地主的住宅和座車遭人潑紅漆，還被恐嚇要打斷手腳；重劃區開發商和地主間的糾紛頻傳，有些地主向市府陳情無效，最後只能向議員求助。
她說，台南市現有31件自辦市地重劃案正在進行中，數量居5都第一，另有27件還在籌備中。市府地政局站在專業角度，不該把責任都推給重劃開發商和地主，應主動介入了解，不要讓地主受害。
台南市長賴清德表示，台南市政府的重劃政策以公辦為原則，可將發展的利益分享給市民，同時避免自辦重劃所衍生的問題。辦理中與籌備中的自辦重劃案，市府今年已解散5件，未來會持續嚴格把關。
他說，絕不允許暴力介入市地重劃案，林燕祝所舉的案例將由警察局組成專案小組偵辦，保護議員與地主的人身安全。