媒體報導，「中華經濟研究院自由經濟示範區的租稅效益評估由負的1.14億元轉為正的2.92億元」，並批評「智庫沈淪變公關公司」。
中經院聲明表示，中華經濟研究院的稅式支出評估結果為正的新台幣2.92億元。政府租稅優惠雖產生稅收損失，但可創造更多投資、就業，最後會以營利事業所得稅及綜合所得稅回到政府手裡，產生正的租稅效益。
至於稅損1.14億元則非中經院提供數據。
中經院指出，自由經濟示範區由於剛開始運作，引進外資、引進外籍專業人力、台商回流到自由經濟示範區的行為，才剛開始發生，或尚未發生，並無確切數據做為估算基礎，必須進行不同假設，且假設必須有客觀數據佐證。
同時，假設的合理性、客觀性，必須和部會、相關單位及內部同仁多次討論，才能有所依據，進行不同假設的估算，是政策評估的合理過程。