經建會委託中華經濟研究院評估「自由經濟示範區」的租稅效應，竟發生由負轉正的荒唐轉變，朝野立委罵聲不斷。事實上，從ＥＣＦＡ、服貿協議到自經區，馬政府都是委託中經院進行評估，若不是迫於特定壓力、啞巴吃黃連，身為國內三大智庫之一的中經院怎會淪落成只為馬政府擦脂抹粉、不敢針砭時弊的公關公司？
為推動簽署ＥＣＦＡ合理化，馬政府三年前委託中經院進行ＥＣＦＡ效益研究，結果顯示簽署對台灣ＧＤＰ、出進口、就業、外人投資及產業供應鏈根留台灣等可產生效益；但事後驗證，不僅不如預期、甚至不簽還更好。
從中經院組成背景來看，創立基金九成由政府及中美經濟社會發展基金出資、一成由工商界捐助。因此董事組成中有主計長石素梅、經建會主委管中閔、財政部長張盛和、經濟部次長梁國新、陸委會主委王郁琦等官派代表；或因中經院具官方智庫背景，為執政者政策「背書」，或有其不能說出口的壓力。
中經院雖對外解釋自經區效應最初版本就是正值，但據透露，這版本經建會、財政部、經濟部三個部會間意見不斷，前前後後調整出二十多個評估結果數字；原來，效應數字是可「調整」的。
管主委被稱為台灣計量經濟學三大龍頭之一，列名中研院院士，更主導建立了中研院一個預測台灣經濟局勢的電腦模擬系統。這令人不禁懷疑，中經院有關自經區租稅效應評估數字由負轉正，其中管主委是否有提供個人專業意見？