頂新除了身陷「銅葉綠素」油品風暴外，農委會也證實國內5家廠商進口棉籽， 頂新也是其中之一，5日彰縣農業處會同中央擴大追查「棉籽」流向，稽查對象包含頂新彰化肥料廠、二林鎮的三木公司及伸港鄉的郭茂盛公司，農業處初步稽查尚未發現上述廠商以棉籽來製油的跡象。
農糧署、彰化縣政府農業處、衛生局，組成聯合調查小組到彰化頂新集團的彰化肥料廠進行稽查，農業處長郭丑哲指出，頂新集團的肥料廠共有33張合法登記的肥料證照，其中有4個產品可以合法添加棉籽，根據稽查人員的回報，現場除了粉碎機和攪拌機外，尚沒有發現製油機，而現場的棉籽也已經壓碎，肥料製成也屬合法，調查人員也帶回肥料成品帶回化驗。
彰化另兩家進棉籽工廠包含郭茂盛公司及三木公司，調查小組同樣進場稽查，追查是否有以棉籽製油的跡象，稽查人員表示，三木公司也是肥料廠，上游廠商就是郭茂盛公司，根據現場稽查結果顯示，三木向上游進貨之後，就轉手賣出，因此現場也沒有製油的機器。
郭茂盛公司從國外進口棉籽，一年大約40噸，公司員工指出，他們是貿易商，進口棉籽後銷售給三木實業與大成長城公司作為肥料，沒有加工製成其他產品。6日上午郭丑哲表示，所有產品包含飼料、肥料都採樣送驗，結果出爐後就來釐清是否有廠商煉製棉籽油，以及肥料及飼料成份是否含有棉酚。