台、日雙方分別由李嘉進與日本交流協會會長大橋光夫代表簽署，5項協議包括「台日電子商務合作協議」、「台日優先權證明文件電子交換合作備忘錄」、「台日藥物法規合作框架協議」、「台日鐵路交流及合作備忘錄」及「台日海上航機搜索救難合作協議」。
其中，藥物法規合作讓民眾得以即時掌握用藥安全資訊動態，並促進醫藥產業合作；衛福部官員也在會後表示，因為研發等成本可望下降，藥品、醫療設備和化妝品的價格，未來也有機會逐步下降。至於台日的救難合作協議則強化搜救合作與建立訓練計畫，雙方的救難協調單位也會定期聯絡互訪。
李嘉進並在簽署儀式後的記者會表示，台日自1972年以來，已簽署31項重要協議，加上5日簽署的5項協議，台日雙方堆積木的速度很快，最後一塊是FTA，希望很快可以堆起來。台日未來完成金融監督、租稅、關務和服務貿易等4塊積木後，應該就能進入FTA的協商談判。
李嘉進說，日方希望繼續以堆積木方式處理台日經貿議題，預計台日還有4塊積木要堆，但台灣希望希望雙方可以坐下來一次談好，呼籲日本拿出勇氣與自信，很勇敢與台灣簽訂各項協議。