民進黨籍立委林淑芬說，難道衛福部與檢調不用介入調查，釐清進口棉籽有無榨油？檢調應立即查察棉籽流向並向出口商調資料比對，不能任憑廠商信口開河。衛福部到底還要包庇這些企業財團多久？頂新進口的棉子如果不是用來榨油，那為何要連夜拆掉那台榨油機？廠商說進口的棉籽作為飼料餵牛，過去十年期間，棉籽進口數量曾一度高達4000噸，是說台灣有養這麼多牛需要吃棉籽？還是，廠商在睜眼說瞎話？頂新、大成長城、福壽、三福、郭茂盛要出來講清楚。
對於質疑，有關今年迄10月底止共有5家公司進口1,380公噸棉籽，農委會晚間表示，會同相關單位至各家公司查證，其中3家飼料廠及1家進口商進口之棉籽，均供做反芻動物飼料使用，尚無查獲流供煉製棉仔油使用，請民眾安心；另1家公司除少數經轉售予飼料廠做反芻動物飼料使用外，多數經粉碎壓出作肥料使用，現場無煉油設備及儲油桶，未提煉油品，故應未外流。
農委會說明，為確實掌握進口棉籽之流向，已於今(5)日上午會同衛生福利部、縣市政府及相關飼料專家至各家公司查察自100年迄今進口棉籽使用情形，結果各飼料廠以2-7 %比例之棉籽添加於牛羊飼料中，經現場查對各廠自進口日起迄今生產紀錄等資料，並比對各飼料廠每日產能、歷年及每月反芻飼料產量、每批進口棉籽數量、庫存量及添加比例，及供肥料使用之棉籽進口量與成品生產數量相關資料經比對也未外流。（另100年及101年各進口1批60公斤及45公斤則做為煙火中之助燃物質及觀賞作物種苗使用）。
農委會指出，全棉籽（Whole Cottonseed）是棉花加工的副產品，為一種高能、高蛋白、高纖維的優質飼料原料。許多報告均證明，全棉籽直接添加用於配製泌乳牛飼料，是提供高產泌乳牛過瘤胃蛋白或脂肪（即部分蛋白質或脂肪不在瘤胃被微生物分解可提高牛隻吸收），可提高乳汁產量及其含脂量。另全棉籽搭配適當飼料配方，可減少反芻動物產生溫室氣體甲烷（CH4）生成效果，故棉籽也可視為對環境友善配方之一。
農委會表示，棉籽雖含棉酚成分，適量添加於反芻泌乳牛羊，不致造成殘留或危害，且全棉籽殼上的棉毛纖維會降低該等動物的適口性，當飼予混有全粒棉籽原料的飼糧過量時，動物會主動降低採食量。一般推薦用量為完全日糧乾物量的8-12%。另有報告指出，棉籽添加達完全日糧乾物量13.5%時，仍無過量棉酚會轉到牛乳中。因此，飼料廠生產添加棉籽飼料餵飼牛羊，不會影響動物健康或殘留於畜禽產品中，也不會對消費者造成危害。
農委會表示，我國棉籽進口及使用量少，評估風險不高故未納入抽驗項目，但為了免除民眾疑慮，該會將儘速增訂棉籽輸入查驗規定，自邊境加強源頭管理，以確保棉籽及飼料品質安全。