轉型後的兩岸企業家峰會傍晚在南京紫金山莊開幕，兩岸企業家峰會理事長蕭萬長、「三三會」會長江丙坤，以及大陸全國政協主席俞正聲、大陸的企業家峰會理事長曾培炎等300多人出席。
蕭萬長在致詞時表示，兩岸企業家峰會獲得中國共產黨中央總書記習近平的肯定，對於峰會有所期許；峰會相信可建立高層次民間經濟戰略合作機制，為深化兩岸產業交流扮演更重要角色。
蕭萬長也說，台灣與大陸都面臨轉型升級壓力，過去5年雖然簽署19項協議，只是「不可諱言，進一步合作也面臨多方面挑戰。」
蕭萬長提出的5點挑戰，首先是雙方政策、整體經濟戰略協調不足，「無法發揮1加1大於2力道，有時甚至還抵銷」；其次是雙方市場開放因法規、體制差異，與企業家期待有差距。
第3點挑戰為雙方產業逐漸由互補大於競爭，轉變成「競爭大於互補」，造成重複投資與資源浪費；第4點是兩岸經濟規模巨大差距，造成雙方資金、人才與技術移動的難題。
第5個挑戰則是，「面對區域經濟整合快速發展，必須克服台灣商簽雙邊經濟協議與區域經濟整合的難題，才能增進兩岸的互信與良好互動。」
蕭萬長表示，兩岸企業家峰會有多項功能，有助於協調雙方的挑戰，包括協調台灣與大陸多個經濟試驗區與跨太平洋夥伴協議（TPP）進行對接、建立產業合作新模式、雙方加強民間企業與中小企業合作、形成具體政策建議等。
蕭萬長並指出，大陸政府近年來加強擴大內需、城鎮化與提升服務業比重等，也是台商的新機遇。他提出數據說，大陸目前服務業占GDP（國內生產毛額）比重約45%，台灣已達70%；大陸城鎮化程度約51.3%，台灣已達80%，因此雙方有優勢互補與經驗交流契機。
在峰會開幕式後，兩岸與會政商人士共同出席歡迎晚宴；5日全天將進行分組議題討論。