黃世銘到北檢出庭時，曾引用憲法第四十四條的「院際糾紛條款」，黃認為他向馬報告，指王金平和曾勇夫涉及關說，是本於憲法體制及公務員服務法的忠誠義務，所做最適於國家利益的決定，北檢則是逐一駁斥。
批黃作法恐衍生專制復辟
北檢認為，黃世銘向馬報告與憲法的「院際糾紛條款」無關，「院際糾紛條款」是指五院間，在五權分立原則下，如對彼此權限範圍有爭執，或相互間對國家重大政策的執行有意見，萬一五院間爭論不休，可能產生憲政危機，因此需要國家元首出面協商解決，這是總統憲法上的權力，但黃向馬報告，僅屬個人事項，與院際爭執無關，也不會產生憲政爭議。
北檢指出，黃今年八月三十一日向馬面報後，到九月六日特偵組對外發佈新聞稿，甚至到今天，總統都未邀集立法院及行政院共同協商，顯然沒發生黃所謂院際間的權限爭議或憲政危機，國家也未陷於立即危險。
另外，不管黃面報馬時，相關刑案是否偵辦中，就算關說案涉及「行政不法」，也應由體制內的處理機制來解決，不需國家元首出面協商，因此黃在刑案偵結前，「急於向總統報告」，陳報內容也與黃所謂「行政不法」相矛盾。
北檢認為，就算王金平等人涉行政不法，也可依程序發函國會、監察院等機關、不需國家元首出面，還可依檢方內規陳報法務部、行政院，本案權責機關是行政院，黃應呈報行政院而非總統。