特偵組偵辦立法院長王金平、民進黨立院黨團總召柯建銘關說司法案，引發朝野立委質疑檢察總長黃世銘是否違反「通訊保障及監察法」以及洩密、違法監聽、偽造文書等罪。針對相關指控，台北地檢署還曾同步傳喚總統馬英九、行政院長江宜樺等人作證、進行調查。
僅管黃世銘強調關說案只有行政不法，並無偵查秘密，且依據憲法，公務員有向總統報告的義務，不過，檢方認為，當時該案尚在偵查，且監聽並未結束，黃世銘憑自己的認知就主動求見報告，不僅陷總統於不義，更造成總統干預司法的誤解，不但違反偵查不公開的原則，也已經觸犯刑法的洩密罪，並違反通訊保障監察法，因此將他提起公訴。台北地檢署襄閱檢察官黃謀信說：『(原音)台北地檢署偵辦檢察總長黃世銘涉洩密案，今天(1日)偵查終結，北檢認定黃世銘在關說案尚未偵結前，就向總統馬英九報告，已觸犯洩密罪，並違反「通訊監察保障法」，這2部分將黃世銘起訴。』
至於黃世銘涉及「違法監聽」與「偽造文書」部分，檢察官認為因犯罪嫌疑不足，不予以起訴。同案中被告特偵組發言人楊榮宗和承辦檢察官鄭深元也因為證據不足，不予起訴。