中央氣象局表示，從10月31日晚間8時2分主震發生後，到1日上午10時30分為止，總計發生了63次餘震，其中26次是有感地震，最大餘震發生在31日晚間11時47分，規模達4.8。
氣象局指出，這次瑞穗地震主因是菲律賓海板塊與歐亞大陸板塊擠壓碰撞導致能量釋放，未來2週內仍可能出現規模5以上的餘震。氣象局地震測報中心主任郭鎧紋說：『(原音)通常以主震6.3的地震來看，出現規模5點幾的餘震都是滿正常的，所以住在花蓮瑞穗地區附近的這個區域的民眾，要提防有規模5點幾的、比較大的餘震發生。』
此外，受到中颱「柯羅莎」外圍雲系的影響，中央氣象局也針對花蓮及北部、東北部發布豪雨特報，宜蘭、花蓮、新北市山區及台北市山區有出現局部大雨或豪雨的機率，恆春半島則有局部性大雨，氣象局呼籲這些地區的民眾，尤其是震央花蓮，須特別注意。