《壹週刊》30日報導，義守大學配合國際合作發展基金會協助友邦之名，承辦「學士後醫學系外國學生專班」培訓友邦醫療人才，是馬總統指示國安會邀集相關部會「先射箭再畫靶」，而讓義大成立醫學系，也是為了南部的選情考量。對此外交部、教育部、衛福部等官員，30日傍晚聯合召開記者會，駁斥了報導的相關內容。
外交部長林永樂表示，政府規劃期間，從未設限或指定任何國內特定醫學院來承辦計劃，過去教育部曾徵詢其他院校，但由於義大適逢申請增設醫學系，同時也計劃招收外籍學生，加上國內無其他醫學系採全英語教學，為了達成今年開辦的目標，最後才同意配合義大成立4年制學士後醫學系，專門培養我邦交國醫師。
對外界批評可能對國內醫師生態造成影響，林永樂強調，該系今年一共錄取34人，這些學生入學就簽下切結書，畢業後直接返回母國服務，不得在國內考照與執業。這項合作案，符合「目地正當、程序合法、執行有效」的援外三原則。
教育部次長陳德華補充，政府是徵詢過11所設有醫學院學校的意願和完整評估後，才決定選擇義守大學。由於目的是協助邦交國家人才培育，因此需英語授課、單獨開班。若在現有學校增開一個班來辦理這種專案，可能會造成資源排擠問題，剛好義大沒有這樣的顧慮。