民主進步黨籍立法委員劉建國在立法院舉行記者會表示，食品工業發展研究所是GMP（優良製造標準）認證追蹤查驗執行單位，又接受食品GMP廠專業服務，質疑食品所角色衝突；食品所董、監事不乏食品大廠業者，母公司GMP產品又要接受食品所追蹤查驗，也質疑執行人員能否客觀公正。
與會的食品所長陳樹功說，食品所GMP後續查廠有專門人員負責，可分成普級、良級、優級和加嚴追蹤，任何工廠待遇一樣，與食品所董事會組成完全不相干；至於食品所提供產業界技術服務，則是其他研究人員負責，與GMP查廠完全無關。
洪輝嵩在會中表示，食品所最主要目的是提升業者競爭力，相關業者當董事會成員，才能監督服務能否落實到業者所需，基本上與官方相關單位是各半比例，但食品所早期由台灣罐頭食品工業同業公會發起，業界董事代表會較多些。
不過，他說，GMP認證體系專業諮詢機構部分，會列入這次檢討標的範圍。
此外，劉建國詢問陳樹功，現在是否還能說有GMP認證就是保證食品安全？
陳樹功表示，GMP認證是自願性計畫，當初推出目標就是要促進食安。如果廠商惡意作假，在這種情況下就有可能還有些案件會發生。整體而言，GMP當然是對民眾健康有很大保障，食品所會盡心盡力做；至於未來實施方法若有任何調整，會配合工業局政策執行。