立法院預算中心公布最新「國家安全局103年度單位預算評估報告」表示，國安局預算至今仍寄列在國防部主管預算內，編製方式與組織定位不僅有所扞格，也違反依法行政原則；主管人員待遇未具機密性，應移至公開預算編列。
報告指出，國安局近年對外網路遭駭客攻擊情形愈益嚴重，應持續強化相關防制措施；國安局主管法令宜配合國防部及其所屬機關組織法的修正或制定，儘速辦理修正。
立法院報告表示，國安局所訂特勤人員職務輪調及回任辦法，未依特種勤務條例規定的意旨，周妥建立特勤人員職務輪調制度，有欠允當。再者，為利執行特種勤務，特勤中心軍職人員及各特勤編組人員體技能鑑測合格率有待進一步提升。
報告指出，為辦理安全維護對象的機場接待業務，年支租金新台幣62萬元在台北航空站租賃辦公室，宜檢討其必要性；另外，國安局現有各型警備車眾多，計畫增購1輛21人座警備車宜評估，以集中調派運用方式取代可行性，配合政府撙節購車政策。