另外，有鑑於近來食品安全風暴再起，在國民黨團未反對的情況下，院會也通過將民進黨團及台聯黨團的提議增列為討論事項第3案，要求行政院責成各部會就認證標章核給的認證機構能力、認證程序進行檢討，並立即對GMP、CAS、吉園圃等認證性標章的廠商及產品展開全面性複檢，建立定期追蹤考核機制，並公布檢驗結果。
另外，也要強化食品級及工業級化學原料分流管理，相關部會應行整合，建立相互勾稽制度，儘速設立食品安全保護基金，並納入食品安全事件沒收的不法所得，作為健康風險評估、消費訴訟補助、維護受害者健康權益之用。
另外，院會也通過民進黨及台聯黨團的提議，將民進黨團總召柯建銘移送紀律委員會調查及處理的提案，列為討論事項第4案，以釐清關說案真實情況，審查時比照各常設委員會全程上網同步錄音錄影，並給柯建銘充分時間說明答辯。
此外，民進黨及台聯黨團也提議將要求檢察總長黃世銘下台、凍漲10月電價、停建核四等多項提案增列為討論事項，但都遭國民黨團以人數優勢否決。