不過，若根據民間的相關調查，服貿支持度更低。台灣指標九月調查顯示，約有四成八民眾不支持服貿協議，僅三成一民眾支持；台灣智庫九月民調也指出，六成一民眾認為服貿協議衝擊台灣服務業，高達七成一的人擔心工作受影響。
經委會昨進行「兩岸服貿協議造成產業衝擊與政府因應措施」專案報告，國民黨立委楊瓊瓔質詢林祖嘉，針對服貿做過幾次民調？林祖嘉表示，兩次民調，樣本數都在一千多人，但「今年一月支持度較高，約六成，七、八月降到四成多」，且反對比支持多一點，但都不超過五成。
楊瓊瓔痛批，政府「幾千場宣傳會都沒達到效果」，反而越說明、支持度越低，應檢討是否政策錯誤？還是宣傳有誤？國民黨立委李慶華也質疑，「行政部門都說服貿是利多，為何反對比支持多？」他認為，多數民眾不贊同服貿，政府就該面對這個問題。
國民黨立委黃昭順則批評，政府設定服貿開放投資門檻太低，投資九百萬元就能有三位管理階層和幹部來台，形同長期居留，儘管政府多次說明有所管制，但像假結婚等案件早就層出不窮，民眾也有信心危機。
陸委會事後對外補充說，去年十一月以來陸委會共進行三次服貿民調，第一次公布調查顯示支持民眾達七成四；至於今年七月、九月調查，則僅有四成多民眾支持，且九月不支持度已超過支持度，達四成五，但因調查僅供內部參考，並未公開。
民進黨立委姚文智批評說，馬政府簽署服貿協議完全黑箱作業，簽署前根本沒有人知道協議內容，所謂七成四民意支持只是欺騙人民，一直到協議文本經過學界、產業界共同檢視及國會強力監督，一切才真相大白，證實服貿禁不起檢驗。
他也質疑，陸委會在簽署前刻意公布服貿協議獲得七成民眾支持，結果民調掉到四成就「龜縮」不公布，心態可議。