根據上海財政局、海關與中國大陸國家稅務局聯合通知，自貿區內生產、加工經「二線」銷往大陸區內照章徵收進口環節增值稅、消費稅，也對進口材料按實際報關徵收關稅。
另外，上海自貿區內生產企業與生產性服務業所需進口機器與設備等予以免稅。通知也說，允許在特定區域設立保稅展示交易平台。
上海自貿區內的租賃公司進口25噸以上飛機，實施最惠國稅率的5%。
這份通知的內容，與大陸國務院9月27日公布的上海自貿區總體方案，基本符合，並無特別突出新意。
中國社會科學院財經戰略研究院研究員楊志勇接受中新社訪問說，進口飛機的稅率優惠，適用範圍從航空公司擴展至租賃公司，意味著優惠範圍已經擴大。
大陸商務部國際貿易經濟合作研究院研究員白明告訴中新社，雖然企業在稅收方面未獲得明顯優惠，但自貿區內如高效的行政效率、人民幣跨境使用等優勢，將使企業從中受益更多。
上海自貿區最受到關注就是金融領域開放，從9月29日掛牌至今，尚未看到關於金融開放的相關細則。