馬總統下午在總統府接見「第9屆兩岸經貿文化論壇」代表團時表示，國民黨榮譽主席吳伯雄去大陸幾次都非常清楚說明，政府現在的兩岸政策都是根據中華民國憲法而來，沒有憲法就不會有這些政策。
總統在國慶談話時提及「兩岸人民同屬中華民族，兩岸關係不是國際關係」，引發綠營批評。總統說，兩岸關係不是國與國、不是國際關係，「道理很簡單，因為中國大陸還是中華民國憲法上的領土，這個並沒有改變，不可能在我國的領土上還去承認有另外一個國家或政權」。
儘管如此，總統說，中共當局統治中國大陸畢竟已經64年，總不能視而不見，也無法否認這個狀態，因此兩岸雙方先互不否認，在這樣的基礎上，雙方就可以有交集，照顧到雙方的需求，「兩岸之間就是一個這樣特殊的關係」。
他表示，過去在陸委會擔任副主委的時代，那時也在談兩岸直航，當然那個時候還沒有這個條件；有人問兩岸直航是國際航線還是國內航線？20多年前他就講，既非國際也非國內，是一條特殊航線，名稱就叫兩岸航線，只有用這種方法才能解決問題，到現在來講，運作起來都非常的正常。
總統認為，兩岸目前就是這樣一個特殊的狀態，大家都非常了解，但還是有很多人在這上面做文章、挑毛病，所以他只好再說明一次。
他重申，政府兩岸政策至今都沒有任何改變，也希望在這樣一個政策下，把雙方關係升化並擴大，辦事機構能設立，並通盤檢討兩岸人民關係條例，相信兩岸關係就會走得更穩，對台灣更有利。