史旺森在其定於11月22日上市的新書《末日：刺殺甘迺迪》（End of Days: The Assassination of John F. Kennedy）中寫道，「並非所有有關甘迺迪遇刺的證據都保存在國家檔案局，一個獨一無二的恐怖物品已經失蹤，那就是甘迺迪的大腦」。
甘迺迪1963年11月22日遇刺，後腦勺被子彈擊中，打飛了部分頭蓋骨，爆出鮮血、腦漿而當場喪命。他於25日下葬，而根據史旺森的說法，棺木中的遺體不包括他的大腦，因為貝塞達海軍醫院在驗屍時，取出甘迺迪的大腦裝在不鏽鋼容器中，並用蓋子鎖緊。這個容器被放在祕勤局檔案櫃一段時間。書中說，後來容器連同一些醫學證據被轉放到一個床腳櫃，然後轉送到國家檔案局保管。到了1966年10月，床腳櫃被人發現不翼而飛，一起失竊的還有驗屍時的組織抹片和其他證物。
當時的司法部長克拉克下令全面追查，但始終未能尋回甘迺迪的大腦和相關證物，不過調查人員的確掌握到一些證據，證據指向之前擔任司法部長的羅伯特．甘迺迪，他在幕僚安姬．諾緯羅的協助下偷走床腳櫃。
書中說，如果讓陰謀論者來推論，他們一定會說甘迺迪的大腦之所以被偷，目的在於隱瞞射殺甘迺迪的子彈來自其前方的證據；因為根據官方版本，子彈來自甘迺迪後面，可能是從達拉斯的「德州教科書倉庫」發射出來，但如子彈來自前方，則發射點可能是附近的草丘。
但史旺森摒棄這種論點，他認為，羅伯特偷走他哥哥的大腦，目的不是要隱瞞和暗殺事件相關的證據，而是要隱瞞甘迺迪可能罹患的疾病、以及因為該疾病而服用的藥物。史旺森推論說，他覺得羅伯特偷走他哥哥的大腦，是要保護甘迺迪身後的令名。