主祭大典是義民祭典的重頭戲，精神核心是藉由祭拜儀式，祈請義民爺庇佑今年萬事皆能吉祥如意。主祭壇前高高懸掛「褒忠」匾額，揭示著不忘祖訓、永記義民褒忠精神的宗旨。
主祭大典以擊鼓、鳴鐘開始，主持人請馬總統、行政院客家委員會主委黃玉振、世界客屬總會榮譽總會長吳伯雄、總統府資政饒穎奇、新竹縣長邱鏡淳、台北市議會吳碧珠及台北市長郝龍斌等9人擔任正獻官，依傳統禮序行上香禮，獻香、花、果、爵、誦讀祝文。
最後由正獻官致詞。主持人同時邀請台下民眾就地起立擔任陪獻官，共同敬獻禮拜、頂禮祝禱，場面莊嚴肅穆。
馬總統以客家話致詞表示，客家事務的推動是重要工程；他指出，政府保證致力推動客家文化，也請義民爺保佑客家鄉親平安快樂、身體健康、事業發達、賺大錢。
主祭大典以全體大合唱「客家本色」、「客家世界」落幕。台北市客家事務委員會主委劉佳鈞表示，為期3天的2013台北客家義民嘉年華共計約有10萬人參與，今天上午的挑擔踩街活動則約有1萬人參加，晚間在客家文化主題公園還有「義民之夜」勁歌熱舞表演，歡迎民眾參觀。
由於昨天晚間全國運動會開幕典禮發生民眾朝總統丟鞋子的突發事件，今天維安祭出大陣仗，出動包括上百名警力、義消與義警，並張開最新防鞋網。
馬總統致詞時有民眾突然大喊抗議，維安人員立即排除狀況。馬總統離開會場時，則有民眾扔鞋，隨扈也迅速將鞋子擋開，並查扣證物。