兩岸互設辦事機構，總統馬英九18日接見美國外賓時表示，這個機構中性，只處理事務性、服務性工作，不具政治意涵。兩岸洽簽互設辦事機構的「協議」，這個「議題」是政治性的。
高輝受訪時說，兩岸互設辦事機構，設立目的是台商相當多，希望在台商聚集的地方設辦事機構。這是經濟上需要，有設立必要性。
他說，兩岸互設辦事機構是因應經濟上需要，兩岸就這項議題談判，但「談判」就是政治性動作，尤其勢將觸及兩岸特殊地位，落實「主權互不承認，治權互不否認」理念。
高輝表示，「兩岸坐下來談的同時，其實就已是在進行政治性協商」。兩岸談及的議題，涉及高度政治敏感性，包括機構名稱、掛牌、要不要掛旗幟及人道探視權等議題，「談判的過程，本身就是政治性談判」。
不過，他說，談判完成後，設立的辦事機構，為海峽交流基金會派駐辦事機構，屬中性，不具政治性質。
高輝表示，兩岸互設辦事機構，不是為解決政治性問題，而是要處理經濟、社會與文化等中性問題。