馬英九過去多次表示，兩岸互設辦事機構的性質是中性，沒有政治意涵，昨接見美國訪賓時，強化為「政治性質」。府方人士表示，兩岸關係的互動原則，政府一貫的主張就是先急後緩、先易後難、先經後政，如果兩岸事務性協商在涉及政治敏感性的部分，「有其急迫性或較易進行的可能，當然會被政府列為優先協商項目」。
府方舉例，兩岸簽署司法互助協議，涉及到司法權、管轄權等議題，就不是純經濟性的議題，而是含有政治敏感性；現在兩岸雙方在洽簽的兩岸兩會互設辦事機構，也都包含政治敏感性，而且是目前看來政治性最高的議題。
馬英九說明，將兩岸互設辦事機構定位為政治性質，並提及兩岸簽訂互設辦事機構協議，比起其他19個協議，「可以說政治性最高的1個」。他並強調，兩岸能順利簽署「兩岸兩會互設辦事機構」協議，將成為兩岸簽署的第20項協議，具有重大意義。
府方人士解釋，馬總統定位兩岸互設辦事機構，機構本身不具政治意涵，是中性、服務性、事務性的機構；至於兩岸洽簽互設辦事機構的協議，議題是政治性而非經濟性，比起之前兩岸洽簽19個協議，是政治性最高的一個。
府方人士也說，兩岸交流頻密，有必要在對方領域內設辦事機構，但不具外交意涵的設計，像是人道探視權很重要，卻不是所謂的「領事探視權」；兩岸互設辦事機構是落實「主權互不承認，治權互不否認」理念。