馬英九總統18日接見美國「外交政策全國委員會」（NCAFP）訪華團時表示，兩岸互設辦事機構的協議不是經濟性質，而屬政治性質；兩岸若簽訂互設辦事機構協議，比起其他19個協議，「可以說政治性最高的一個」。未免外界解讀錯誤，府方人士出面進一步說明：這個「議題」不是經濟性而是政治性的，但「機構本身」不具政治意涵。
府方人士解讀總統談話：兩岸關係的互動原則，政府一貫的主張就是「先急後緩、先易後難、先經後政」，不過，如果兩岸事務性協商在涉及政治敏感性的部分有其急迫性或較易進行的可能，當然就會被政府列為優先協商的項目。
舉例來說，兩岸在98年就簽署的「共同打擊犯罪與司法互助協議」，涉及到司法權、管轄權等議題，就不是純經濟性的議題，而是含有政治敏感性在內，但因兩岸跨境犯罪猖獗，不聯手打擊則難以見效，並且具有迫切性，因此儘早納入協商議題。
也因為如此，才能逮捕5000多名嫌犯，大幅減少跨境詐騙。現在兩岸雙方在洽簽的「兩岸兩會互設辦事機構」，也都包含政治敏感性，而且是目前看來政治性最高的「議題」。
府方人士表示，馬總統對兩岸互設辦事機構的定位非常清楚，也就是這個機構是中性的，只處理事務性、服務性的工作，不具政治意涵。因為兩岸交流如此頻密，的確有必要在對方領域內設辦事機構，但不具外交意涵的設計，像是人道探視權很重要，但絕對不是所謂的「領事探視權」。兩岸互設辦事機構是落實「主權互不承認，治權互不否認」理念。
府方人士說，簡言之，兩岸互設辦事機構，這個「機構本身」不具政治意涵，是中性、服務性、事務性的機構；但是，兩岸洽簽互設辦事機構的「協議」，這個「議題」不是經濟性而是政治性的，比起之前的19個協議，是政治性最高的一個。