民進黨立委陳其邁今(17)日在立法院批評馬英九總統昨天在國民黨中常會，將兩岸航線與美國國內航線類比，是自損國格、不顧台灣主權的表現。對此，馬英九中午在接見美國懷俄明州長米麥特伉儷訪華團時表示，在《憲法》上「中國仍然是我們的領土」，20多年前就已定位兩岸航線，「不是國際航線，也不是國內航線，而是一種特殊的航線」。國民黨則發布新聞稿指出，針對馬英九對於兩岸航線定位的談話，是媒體擴大解讀。
陳其邁今天在立院砲轟，如果兩岸航線是國內航線，「馬英九不就跟香港特首梁振英一樣嗎？」
陳其邁說，這種自損國格、不顧台灣主權，卻洋洋得意去算增加多少航班，這是台語裡面「豬頭不顧，去顧鴨母蛋」，也就是自降國格的作法。
但馬英九中午表示，中華民國根據《憲法》是一個主權國家，但在《憲法》上「中國大陸仍然是我們的領土」，因此與大陸的關係就不可能是國際關係，而是一種特殊的關係。馬英九強調，20多年前就已經定位為兩岸航線，「不是國際航線，也不是國內航線，而是一種特殊的航線」。
國民黨方面則指出，馬英九於2010年就曾在公開場合多次清楚闡明，兩岸航線既不屬於國際航線也非國內航線，而是特殊航線。
國民黨文傳會表示，馬英九昨天在中常會的說法最主要的目的在於，因高鐵通車造成國內航空業業務萎縮，而國際航線又不足以彌補，但短距離的兩岸直航為航空業帶來新的榮景；這是陳述事實，並非改變兩岸航線或兩岸關係的定位，外界無須加以曲解或擴大解讀。