資深軍事檢察官憂心表示，過去由軍法單位來解釋軍法，不會有太多爭議或其他解釋空間，但在軍事案件移由司法接辦後，由於體系不同，司法官或司法檢察官對於陸海空軍刑法的解釋及認定空間，可能比軍法人員來得寬鬆。
他說，明年一月在移交林毅夫案給司法時，將會就繼續發布通緝林毅夫的必要性，向司法單位說明軍方立場。
國民黨立委謝國樑今年九月二十五日向行政院提出質詢，指他接獲法界學者的投書，對於林毅夫仍被以投敵罪繼續犯持續發布通緝，認為對其犯罪行為終了的法理解釋不當，要求行政院就疑慮提出說明。
行政院回覆指出，政府雖在八十年五月一日終止動員戡亂時期，但兩岸在軍事上仍處「武力對峙狀態」，中共仍屬陸海空軍刑法所定的「敵人」；以前陸軍少將羅賢哲為中共蒐集情報案為例，最高法院於去年四月二十六日即認定中共為「敵人」，羅賢哲依陸海空軍刑法「為敵人從事間諜活動」等罪，處無期徒刑，褫奪公權終身，駁回上訴定讞。
行政院表示，經國防部高軍檢持續向國安局、軍情局查證結果，林毅夫現為中共全國政協常委，仍任職於中共黨政機構，其投敵犯行仍繼續中，犯罪行為尚未終了，追訴權時效尚未開始起算。