偵辦過前台北市長馬英九特別費案的檢察官侯寬仁今天在接受自由時報的專訪中表示，馬英九當年為了擺脫官司，不僅提出大水庫理論，還刻意醜化他筆錄不實的印象，事實上，馬英九當時提供外界的譯文，刻意漏掉39處重點，例如證人中的北市府員工吳麗汝明白回答「要因公支用」，這都刻意被省略掉。
他在自由時報的《星期專訪》中指控，馬透過操作吳麗汝筆錄涉嫌製作不實的方式來抹黑他，甚至還提告，不起訴後還再議，交付審判，對他來講，「馬英九也欠我一個道歉」。
侯寬仁表示，吳麗汝的筆錄，只是此案幾百份筆錄的其中一個筆錄，也可以摒棄這個筆錄不用，但他(馬英九)是以這種抹黑檢察官的方式，來為自己澄清。
對於大水庫理論，侯寬仁說，這純粹是馬為了事後解套想出的一個理論，連前最高法院院長楊仁壽日前受訪時也說，最高法院不認同「大水庫理論」，楊仁壽還質疑檢方為何沒針對「大水庫理論」加以指摘、上訴。
侯寬仁表示，我們國家的預算制度是年度預算，年終沒有用完，是要繳回國庫的，「大水庫理論」是把預算的年限打破，只要他八年任期內都還算，這明顯違背預算制度。
他說，依法，一筆款項進來，跑到哪裡去，那就彰顯當事人的意圖，馬當時薪水十四萬多元，每個月匯廿萬元給太太，其中有些是特別費的錢，這是很明顯的詐欺及侵占公款行為，「如果這不是貪瀆，那什麼才叫做貪瀆？」
侯寬仁說，現在冷靜想想，馬先生從來沒對外說明，特別費進到他口袋，為什麼會這樣，「其實他欠社會大眾一個說明」，特別費若不涉貪瀆，為什麼後來要談除罪化，若沒涉貪瀆，就根本沒有除罪化的問題。
對於最高法院後來沒再追查，侯寬仁說，其實最高法院就一些得為職權調查事項，還是可以將案子發回重查，既然最高法院不認同「大水庫理論」，這部分即使檢察官沒有指摘到，其實是可以再發回，但最高法院沒有這樣做，所以在短短一年內，一、二、三審就確定，速度很快，這在貪瀆案來講，實務上是很少見。
對於被後來的馬總統下條子追殺一事，侯寬仁說，司法人員很少被懲處，有懲處的話，當年考績就是乙等，「我因此連續三年有兩個乙等」。他說，「當時並不是只有這個事情，同時還有好幾個案子在查我，包括太極門的事情，還有一個土庫棄土弊案，都在查我偵辦過程有沒有違失。」
他也表示，目前監院還在調查筆錄製作不實案，今年八月十五日還約談過他，「事情隔那麼久了，國家機器一直在調查我，這幾天馬先生下條子的事被揭露出來後，難免會讓人懷疑，背後有一隻操控的手。」
他表示，「當時不曉得為什麼一直查我，現在印證了，馬下條子之後，就開始調查我很多事情，「如果這不是追殺，那什麼才叫做追殺！」