臺中市政府自101年6月22日公告保護區分區管制，將高美野生動物保護區域分為開放給民眾體驗濕地生態的永續利用區，而自海堤往外延伸500公尺處的核心區與緩衝區則管制民眾進入。市府並於102年5月施設一座木棧道提供遊客行走，若民眾需至永續利用區，應行走木棧道。
高美野生動物保護區擁有全臺面積最大之25公頃的雲林莞草草海、瀕危生物種大安水蓑衣及草澤、高灘地、礫石等多樣性棲地環境。自分區管制後，招潮蟹、紅蟳、彈塗魚等底棲生物復育狀況良好，提供鳥類充足之食物來源，因而吸引大量秋冬候鳥如青足鷸、灰鷺、高蹺鴴等競相造訪。