當年起訴馬英九特別費貪污案的現任高檢署檢察官侯寬仁，接受《自由時報》專訪表示，馬英九對於特別費為何進入私人口袋，始終沒說清楚，「是欠社會大眾一個說明」，當時自己堅持「大是大非」起訴此案，馬卻指控此案筆錄製作不實，以抹黑檢察官方式為己脫罪；甚至還下條子，指示前法務部長王清峰必須查辦懲處，「馬也欠我一個道歉！」
前法務部政務次長李進勇揭露總統馬英九曾經下條子給前法務部長王清峰，要求查辦當時起訴馬英九特別費貪污案的檢察官侯寬仁，侯寬仁接受《自由時報》專訪指出，「司法人員很少被懲處，有懲處的話，當年考績就是乙等，我因此連續三年有兩個乙等，當時並不是只有這個事情，同時還有好幾個案子在查我，包括太極門的事情，還有一個土庫棄土弊案，都在查我偵辦過程有沒有違失。」
「我當時不曉得為什麼一直查我，現在印證了，馬下條子之後，就開始調查我很多事情，如果這不是追殺，那什麼才叫做追殺！」
現任高檢署檢察官的侯寬仁接著表示「我知道這個消息後很訝異，因為，以一個總統的高度，居然做這樣的介入。我與馬先生、陳長文律師，在特別費案中都算是當事人，特別費案都定讞了，馬告我筆錄製作不實涉偽造文書罪的部分也不起訴了，居然還由陳長文做球（投書媒體），由馬來揮棒（剪報下條子給法務部長），要求法務部必須對我被控筆錄製作不實做出懲處，之後，我被記申誡一次。」
侯寬仁在專訪中指出，當年馬特別費貪污案起訴後，案子到法院，馬提「大水庫理論」欲解套，並開始攻擊他涉筆錄製作不實，這一點，他個人非常不諒解「他可以為自己解套，那是他的權利，但不能以這種手段來攻擊起訴的檢察官，更惡劣的是，他把錄音帶給媒體，我後來比對他提供給媒體的譯文，發現故意略去其中的不少重點，我算了算，共有卅九處，像是證人吳麗汝（台北市府員工）明白回答「要因公支用」，這都刻意被省略掉。」
「外界因此誤認為筆錄是不實的，導致傷害到我們檢察官的形象，弄到好像我們是故意要羅織罪名，要誣陷他，實際上並不是這樣。講白一點，吳麗汝的筆錄，只是此案幾百份筆錄的其中一個筆錄，也可以摒棄這個筆錄不用，但他是以這種抹黑檢察官的方式，來為自己澄清。」
侯寬仁透露，監院至今還在調查筆錄製作不實案「今年八月十五日還約談我，事情隔那麼久了，國家機器一直在調查我，這幾天馬先生下條子的事被揭露出來後，難免會讓人懷疑，背後有一隻操控的手。」
侯寬仁指出，依法，一筆款項進來，跑到哪裡去，那就彰顯當事人的意圖，馬當時薪水十四萬多元，每個月匯廿萬元給太太，其中有些是特別費的錢，這是很明顯的詐欺及侵占公款行為，「如果這不是貪瀆，那什麼才叫做貪瀆？」
「馬英九涉特別費案獲判無罪，是老百姓給他一個機會，但馬不知反省、檢討，如今才會陷入另一個風暴。」