中央災害應變中心6日上午召開第4次工作會報，指揮官、內政部長李鴻源在會中指示，目前降雨最可能造成危害的地方為桃竹苗山區，截至上午7時已發布6條土石流紅色警戒，請國防部協助新竹尖石五峰進行疏散撤離，並要求內政部掌握撤離及安置狀況。
中央應變中心指出，截至6日上午7時，發布土石流潛勢溪流紅色警戒6條、黃色警戒65條，其中紅色警戒都在新竹縣，黃色警戒分布在桃園縣30條、新竹縣35條。
此外，國防部出動2萬7120名兵力，裝備機具部分，包括發電機594台、抽水機542部、甲車218輛、重機具113輛等器材車輛執行救災。
中央應變中心表示，截至上午8時，未傳出傷亡，但已發布土石流紅色、黃色警戒地區，尤其在五峰鄉、尖石鄉等地，仍可能視雨量累積轉為紅色警戒，地方政府應視風雨狀況即時啟動疏散撤離作業。
中央應變中心說，目前各地災情主要為路樹倒塌和招牌掉落，民眾應避免外出，避免強風造成傷亡。同時，至上午9時止，執行入山入園管制作業有新北市、桃園縣及宜蘭縣，申請入山有712人，經勸阻未上山有670人，入山民眾有42人，全部經聯繫已下山。
由於菲特目前暴風半徑已接觸台灣，現在至晚間是颱風影響最劇烈的時間，李鴻源在聽取工作會報時，也要求氣象局及科技中心務必密切掌握最新的情資。
此外，依氣象報告資料提到台南澎湖地區有強陣風，但因未納入警戒範圍，李鴻源也要求，相關資訊務必通知台南市及澎湖縣政府，若高雄也有此狀況，請一併通知。有關台北市橫移門關閉資訊，李鴻源也指示，務必讓民眾知悉，將河川區停放車輛移出。