中颱菲特接近，氣象局5日下午2時30分發布陸上颱風警報，經濟部災害緊急應變小組啟動全面聯防，配合陸上颱風警報發布提升為一級開設，水利署署長楊偉甫已要求轄下各河川局及水資源局加強抽水機、防汛器材及河川、排水、海堤、水門、抽水站等水利建造物巡防工作，針對防汛缺口、破堤施工及在建工程備妥防汛搶險及應變措施，並與地方政府密切聯繫，做好萬全戒備，全力防颱；石門水庫也下午1時30分實施調節性排洪。
楊偉甫表示，因應中颱菲特可能帶來的強風及降雨，已與地方政府保持密切合作，尤其是迎風面的基隆、新北、台北及宜蘭等區域，且在5日完成基隆沿岸貨櫃檢查、在颱風侵襲前完成警戒區滯洪池預降水位預留蓄洪空間、並做好淡水河系橫移門關閉時機研判提供相關縣市政府。
楊偉甫說，同時也督促各水庫管理單位加強監控濁度，特別是位處警戒區域的石門、翡翠及新山水庫等，並與自來水公司聯繫做好下游淨水場高濁度應變處置，以穩定供水。石門水庫5日下午1時30分開啟排洪隧道以200CMS進行調節性放水，請下游民眾遠離河道，注意安全。
水利署表示，全國大型移動式抽水機780部，已預布712部至各縣市政府；各地方政府已簽訂移動式抽水機相互支援協定，該署也將與地方政府保持密切聯繫，隨時支援。水利署將啟動全國1517位防汛護水志工及全台超過8600個企業協助水情及災情通報作業，以降低災損。
面對菲特颱風襲台威脅，水利署呼籲，請民眾利用水利署提供的各種管道，掌握及時防災避災訊息，以減生命財產損失，民眾可依自己方便選擇適合的防災避災工具，網路使用者可透過防災資訊服務網及facebook防汛抗旱粉絲團；智慧型手機用戶可下載行動水情APP，一般手機則可透過警戒簡訊通報系統，對於不使用電腦或手機的族群，可透過免付費電話0800-079-579(你去救、我去救)登錄自家電話及所在鄉鎮市區，即可接收到淹水語音廣播。