馬英九前晚是從總統府內步行地下密道，走往位在國防部博愛大樓的台北地檢署第四辦公室。
陳水扁當時出庭說，士林官邸和衡山指揮所間的密道有直升機停機坪，「那是老蔣準備逃跑時要用的，他死了就沒人能用！」另外，總統府和國防部間的博愛路有地下通道，從總統府走地下通道到國防部頂樓，那裡也有直升機停機坪。
可通往國防部頂樓直升機停機坪
扁自嘲說「但我現在用得到嗎？那是馬英九要跑時用的！」還有兩架直升機每天停在空軍松山基地待命。
據了解，總統府有地下設施，早在日治時代就有，當時做為緊急避難通道之用。
陳水扁擔任總統時，國防部二○○五年舉行漢光軍演，為因應中國「斬首行動」，設定總統遇難快速脫困的「萬鈞計畫」中，就是經由馬英九應訊的地下密道到博愛大樓，迅速登上直升機飛抵大直山區二○五高地衡山指揮所，再經由四百多階的通天梯進入作戰指揮中心。
此外，前國安局特勤中心執行長彭子文少將曾對外透露「萬鈞計畫」內容，包括總統到衡山指揮所的交通動線與交通工具，曾遭高檢署依洩漏軍機罪、洩密罪、國家機密保護法等罪嫌起訴，高院審理後判刑兩年、緩刑四年。