根據交通部最新公布的國道計程收費方式，雲林到台北將多花20-60元過路費。李應元認為此方案不合理，並要求交通部從新調整計費公式。
李應元說，雲林迄今還無高鐵站，烏日高鐵站到雲林也只有區間車。交通資源如此匱乏，若還要調高高速公路通行費，那簡直太無天理了。因此他將聯合縣內跨黨派的公職人員，一起向交通部表達雲林人的心聲。
根據交通部公布的計費公式，以小型車為例，每天每車前20公里不計費，在200公里內，每公里1.2元；但200公里以上享有遠程優惠，每公里以0.9元計算。由於台北到雲林約200公里多一點，幾乎無法享受到遠程優惠，因此到台北的過路費要多花錢。
李應元說，以國道一號為例，目前從虎尾到台北需200元的過路費(五個收費站，每站40元)，但未來約需224元。若從古坑走國道三號到台北，目前需200元的過路費，但未來將高達260元。
李應元表示，為了矯正此不合理情形，交通部可將遠程優惠的門檻從200公里降到100公里，但為了維持全國的總收入，可縮小優惠幅度，如此便不會發生雲林到台北要漲價的情形。
附件: 交通部計程收費試算網址如下:
http://fare.fetc.net.tw/