長榮表示，自2009年開始參與由中央大學與英國劍橋大學所主導的「溫室效應氣體觀測計畫」，也是全球唯一參與此項研究計畫的海運公司，目前9艘安裝測量儀器的屬輪，仍持續於航行時記錄不同海域溫室氣體變化的數據。
這些珍貴的資料獲得歐盟和國際間高度矚目，為台灣在全球氣候變遷的研究方面，作出重要貢獻。
長榮於2005至2008年以超越當代環保法規的標準打造10艘S型環保船，配備雙重船殼、內置式油艙、低硫燃油系統與岸電設施等多項環保設計；其中第5艘長偉輪於2006年的勞氏亞洲海運獎評選中榮獲「年度最佳船舶獎」。
配合船隊汰舊換新，長榮已於2010年與2011年共訂造30艘L型貨櫃船。L型船除了配備S型船的各項環保設施之外，更具有最佳船型設計，能提高主機推進效率，較前一代S型船減少15%二氧化碳排放率。