2002年峇里島發生恐怖攻擊，穆斯林激進分子在觀光熱點引爆炸彈，造成202人死亡，死者大多是外國遊客。2005年10月峇里島鬧區發生多起爆炸案，造成22人死亡。因此，這次在峇里島舉行的APEC會議，維安格外受到矚目。
為維安考量，APEC會議所在地峇里努沙杜阿會議中心（Bali Nusa Dua Convention Center）周遭幹道禁止一般車輛進入，只允許配有貴賓證的車輛才能通行。
會場周遭更部署重兵，三步一崗、五步一哨，大批荷槍實彈的員警和維安人員嚴密把守出入通道。會場內則是層層關卡，除了機場規格的安檢門及金屬探測設備，會場內也不時見到維安人員來回穿梭巡邏。
當地記者表示，峇里島多年前傳出恐怖攻擊事件，加上雅加達包括萬豪酒店在內的五星級飯店在2003年和2009年曾遭受恐怖分子炸彈攻擊，今年APEC主辦國印尼對於APEC會議維安措施更是不敢輕忽。
來自全球各國的媒體記者早早到會場領取採訪證件。不同於其他會議，主辦單位除事前接受網路報名外，現場還需一一比對媒體記者的身分證明、照片及相關文件，嚴格控管進出會場的人員，確保維安工作做到滴水不漏。
為因應APEC會議，印尼政府共調派1萬1000名軍警人員進駐峇里島，其中包括由美國訓練、武器裝備全部來自美國的印尼反恐特種部隊Densus 88。
不同往常，峇里島恩古拉萊國際機場（Ngurah RaiAirport）停機坪罕見進駐多架軍方戰鬥機及直升機，海港也出現軍艦進駐、巡弋。
參與維安行動的印尼部隊中校副指揮官卡德克（Kadek Ary）說，APEC會議所在地努沙杜阿渡假區入口嚴格控管進出，遊客若要進入，必須出示身份證明，並向維安人員通報通行目的。
印尼軍方也禁止峇里居民及旅客在努沙杜阿及機場、港口周遭地區從事任何空中活動，包括滑翔翼、飛行傘以及搖控飛機等。