宇昌案因為牽涉國發基金投資，成為2012年總統大選期間藍綠陣營的選戰焦點。當時民進黨總統候選人蔡英文因為在任職行政院副院長期間核准該投資案，之後又任職宇昌公司董事長，遭質疑有利益衝突問題。
監察委員葉耀鵬、馬以工、馬秀如和李復甸調查宇昌案，發現國發基金投資宇昌公司只經過少數人審核就撥款，程序流程異於平常，且該案沒有經過行政院長專案核准，行政院和經建會未善盡監督管理之責，因此予以糾正。
監委表示，經建會前主委何美玥在2007年2月上簽，載明與美商Genetech投資成立新公司的條件，當時的行政院長蘇貞昌也在公文上簽名，但是何美玥之後的公文內容和投資方向與原簽不同，也沒有蘇貞昌的簽核，蔡英文卻依然核准，且沒有呈報蘇貞昌。監院糾正案文指出，蔡英文違反原簽指示，違背職務。葉耀鵬說：『(原音)國發基金投資專案核准的只有院長有權，他們現在拿著認為是院長核定的專案投資，然後去進行後面一連串的動作。』
監委馬以工也表示，原簽載明要進行新藥第三期臨床試驗，但是最後並未達成，經建會也有管理疏失。她說：『(原音)開發基金難道沒有受損嗎？他原先要做phase III，到現在還沒有做phase III。』
監委也指出，只有行政院長有權力以「專案簽核」的方式核准投資案，但是宇昌案後續執行的公文沒有蘇貞昌的簽名，因此不算專案核可；至於蔡英文有無違法，監院將把調查報告送法務部參考。
監院選在此時公布宇昌案的調查報告，引發揣測，監委強調，審查委員會9月4日就提案，在此之前1週就核章，完全不知9月初將爆發關說風波。