府方堅稱：沒有指揮辦案
黃世銘日前表示，在八月卅一日見馬，九月一日被馬約見，他前天受訪時又進一步自爆，九月六日特偵組開記者後，馬還曾來電，引起各方譁然。
總統府昨證實，馬有在九月六日記者會後至今，與黃通過電話。府發言人李佳霏解釋說，九月六日「至今」，馬總統有用電話請教黃世銘關於外界對特偵組的疑問，大概都是馬打給黃世銘，主要是當天看了媒體相關報導，希望黃世銘針對特偵組的問題，對外說清楚，避免誤會，「沒有指揮辦案的問題！」
立委：黃不甘成余文第二
民進黨團總召柯建銘指出，黃世銘接連爆料，就是想拉馬來自保，總統府含糊其詞地證實有通過電話，而且還不只一通，這都意味黃世銘不甘成為「余文第二」。
柯建銘強調，馬英九在偵結前就透過黃世銘獲知案情內容，涉嫌洩密，查辦監聽案的台北地檢署應該迅速查扣特偵組的所有錄音、總統官邸的出入登記表，不能讓涉案人有時間滅證、串證。
籲北檢速入官邸查扣證物
民進黨立委管碧玲也說，檢察總長的權力大到可以指揮所有檢察官，也能打破分案制度，因此要有絕對、超然的獨立性，代表著最高的司法權力。而總統代表最高的行政權力，不應私下與檢察總長有所往來，否則就失去權力制衡。
管碧玲認為，雖然法律未明訂檢察總長不該向總統報告個案，但這是最基本的倫理，需要雙方自我約束。黃多次向馬報告，事後還與馬通話，是非常不妥的行為。
黃世銘成為爭議焦點後，相關說辭一直像擠牙膏般出現，府方也不斷對外澄清，前後說辭矛盾，公信力大受影響。
黃前晚在立院答詢後，向媒體坦承，在九月六日特偵組開完記者會後，馬總統也曾打電話給他，但他沒有進一步說明談話內容及通話次數。黃的最新說辭，再度讓總統府陷入尷尬，也再次進行危機處理。
由於黃世銘捲入的爭議持續擴大，面臨去職的壓力。不過，總統府人士表示，目前有許多調查程序進行，只要結果確實證明黃世銘有不法，就依法辦理，絕不護短。