種原庫座落於台東市知本溪北岸，基地面積6.46公頃，主要分為「深層海水取水設施」、「水產生物種原保存及培育設施」及「溫控精緻農業設施」等，總統馬英九今年6月30日曾前往視察。
海底水管長將近5公里、抽取海底637公尺深的深層海水，每日抽水量4000噸，利用深層海水潔淨、高營養鹽、低溫等特性，進行高經濟水產養殖與農作物栽培等技術研發。
另外，因深層海水水溫約攝氏9度，可作為冷源供應種原庫大樓辦公室空調、水產繁養殖設施與低溫農業研發等用途，預估每年可以節省約70萬度電，可達到節能減碳。
目前種原庫內以深層海水進行水產養殖試驗研究的項目包括：黃鰭鮪的陸上養殖、石斑魚的產卵調控試驗，以及冷水性魚介類（比目魚及鮑魚）養殖和培育優質九孔種苗，提高九孔種苗之附苗數及成長率。
除了魚類外，還有水中植物，培育優質微細藻類及大型藻類等多項研究計畫，品質與效益優於一般表層海水養殖，可提高產業價值。
農業方面，台東區農業改良場負責營運的「精緻農業研發館」，則利用深層海水低溫冷源降低溫室內溫度，進行精緻溫控農業試驗，包括高級花卉栽培及花期調節研究、夏季高冷蔬菜平地生產技術、草莓涼溫育苗等試驗。
短短半年已開發出蝴蝶蘭及春石斛催花技術，將花期調節到農曆春節，開花整齊美觀，滿足春節前花市的需求並提高產值。
種原庫目前進行石斑及鮪類繁養殖技術研發，未來將生產優質種苗，適度的野放以增加天然海域資源量。此外，在不影響試驗研究下可開放給業界參觀，以帶動深層海水產業發展，引導深層海水產業鏈周邊產業的推動。