對於特偵組應否廢除，檢改會持反對立場，認為特偵組可以監督正副總統、五院院長及社會政經特權，貿然廢除只會令親痛仇快、自毀長城，讓亂臣賊子竊笑；以本關說案為例，已證明法務部長所掌握的檢察機關，面對政治力時相當脆弱，如檢察總長政治免疫力不足，應要求任期屆滿後不得接受其他政治任命或職位安排。
司法院大法官會議多次釋憲，獨立機關就其獨立權責部分，有權拒絕立法院調查，檢改會認為，檢察總長僅須就法律案及預算案到立院備詢，但立委卻以法律案審議為名，就個案質詢檢察總長，甚至由原特偵組調查對象，就該個案對總長質詢，媒體與人民也不明就裡地「看戲」，不知此舉如同議員被開罰單，卻在議會上質詢警察局長一樣不合理。