人事總處︰組改後用人減少二成
人事行政總處副人事長張念中說，組改後公務機關用人編制減少了二萬多人，比組改前減少二成，不管是哪個層級的公務員，整體預算員額都沒有增加，立委所指詳細數字需要進一步了解。行政院秘書長陳威仁強調，各機關若因整併有調整職務、職等的需求，都須依程序送銓敘部、考試院核定，有一定的設置標準。
考試委員︰機關整併 有人就地升官
但考試委員詹中原、邊裕淵七月初在考試院院會中曾指出，許多機關整併後，確實有調高職等的現象，例如外交部領事事務局增設主任秘書，另教育部青年發展署及經濟及能源部貿易商務局，銓敘部核定職務列等也無一致標準，建議採取過渡性條款規範，以避免「就地升官」之嫌。
政府組改目標將行政院轄下卅七個部會精簡為廿九個，原定去年元旦施行，但截至立法院上會期，仍有十一個部會及所屬六十七項機關組織法案沒有完成立法，除影響組改進度，更有林務局、工程會、營建署等機關及業務發生整併爭議，招致社會負面觀感。
李應元指出，考試院長關中今年初曾表達，一位九職等科長在任公職期間，可領取薪資約二千五百萬元，退休後依「七五制」（年資廿五年、年滿五十歲）可領取退休金約二千五百萬元，合計五千萬元；十職等簡任官薪資及退休金高於九職等科長，依此推算，一百卅九名簡任十職等高官，將讓政府增加七十億元以上的人事及退撫支出，對國家財政是難以承受之重。