二代健保自今年元旦開始實施，立法院預算中心報告指出，截至6月底，保費實際收入是2645億元（包括補充保險費150億元）；但補充保險費的收取有季節之分，全年度實際收取狀況仍需等年度終才能得知。
報告指出，根據衛生福利部中央健康保險署提供的二代健保財務收支概估數據，二代健保到105年度仍有累計賸餘；但立法院預算中心估計，106年度二代健保的當期短絀恐達400億元，累計短絀初估將達100餘億元，恐再度面臨收支失衡，發生累計短絀現象。
報告表示，在維持現行費率4.91%情形下，二代健保至多僅維持3、4年榮景，未來仍有調整費率或檢討支出的必要，健保署應及早妥擬解決方案。
立法院預算中心建議，健保制度收費標準既然以「所得」為收繳基準，應不分所得來源及身分類別，同一所得收取相同金額健保費；此外，補充保險費費率與一般保險費不同，也造成不公平。
因此，保險費應以家戶總所得乘以費率為收繳基礎，才能達到真正的公平。
國民黨立法院黨團書記長林德福說，二代健保已經實施一段時間，如今預算中心也已提出警訊，政府應該未雨綢繆，主動研擬因應改善方式；畢竟「健保不能倒」，如果大家認為家戶總所得比較合理，取得共識後改變收費計算方式也無妨。
民主進步黨籍立法委員田秋堇則表示，當初修法大轉彎，在野黨已點出補充保費的各種問題；現在聽到健保106年會出問題，一點都不驚訝，希望儘速在106年前修法，改正目前補充保費這個畸形制度。