預算中心報告指出，目前政府科技預算並無明確分配準則，側重各機關自行提出計畫，較欠缺國家整體政策引導。
報告表示，政府的科技政策、科技資源整合與分配原則、重大科技計畫，以及重要科技法規等，都在行政院國家科學委員會委員會議中做成決議，報行政院核定；而行政院科技會報則定期檢視、評估政策的推動並提供建言。
但國科會與行政院科技會報的主要決策成員部分重疊，例如科技政務委員、中研院院長、國科會主委等，且科技決策的部分功能權責不明，影響行政效率。
預算中心報告指出，政府應確立國家整體發展的焦點議題，擬定整體科技政策的前瞻性願景，以簡化科技政策在議題設定及規劃方面的組織及會議。
此外，應明定具有跨部會特性及實質效力的科技決策機構，有效整合科技預算與合理分配，並加強跨部會合作機制，以提升政府科技預算效能。