挖仔尾自然保護區位於淡水河口左岸，因入海口的地形彎曲，地方俗稱為「挖仔」，淡水河道最後一個彎曲處，便稱之「挖仔尾」。清初為船隻停泊地，在雍正年間已有街坊市集聚結，後期因淤積嚴重便逐漸沒落。此地為典型的河口生態系，水筆仔攔截了淡水河的泥沙、有機物質，形成一片沼澤地帶。但因河水汙染加上盜採砂石，導致紅樹林生態受到威脅，為保護紅樹林及周邊生態，行政院農委會便於民國83年將此地公告為「挖仔尾自然保護區」。