桃園地檢署起訴翁姓課長、黃姓生產組長、黃姓品管、魏姓操作員等4人。
起訴書表示，翁姓課長等人為從事業務之人，明知義美生產泡芙等各項產品過程中，操作員必須按日填寫生產投料紀錄表，並載明原料名稱、批號、包裝完整、品項、重量等項目，並交由審核。
其中有操作員發現原料大豆分離蛋白已經逾期，向上反映，但翁姓課長等人仍要求作業員將逾期的原料放入泡芙製品中。
檢方表示，翁姓課長謀議將生產巧克力投料的紀錄表抽換，並重新製作新的紀錄表，並將舊資料刪除，檢方認為翁姓課長等人已有業務上登載不實文書的犯意聯絡。
全案經過經濟部標準檢驗局派員前往義美公司龍潭廠查核，認為翁姓課長等人足以損害公眾食品衛生健康，全案才移送檢方偵辦。
檢方偵辦過程中，認為翁姓課長不但指示操作員使用逾期大豆分離蛋白，投入泡芙生產，事後又湮滅銷毀生產紀錄表，建請從重量刑。