國民黨主席馬英九在中常會一開始就針對王金平遭撤銷黨籍一事發表看法。他表示，王金平與國民黨共同奮鬥多年，對黨有相當程度的貢獻，王金平過去在選舉或執政上也都非常支持他，他對於王金平涉及關說案感到非常遺憾。
馬英九表示，考紀會做出的決議雖然困難且痛苦，但這是不得不做的決定。他說：『(原音)身為黨主席，我認為在國民黨捍衛司法公正、堅持大是大非的前提下，考紀會做出的結果雖然是痛苦的，但卻是不得不做的正確決定。』
馬英九說，這件事顯示無論對於黨或憲政體制、權力分立的政府制度來說，在司法獨立、維護憲政分際上的努力還不夠，也給了國民黨很沉痛的教訓。
馬英九強調，唯有改革才能贏得民心、促進團結，他絕對不容許任何黨員挑戰國民黨捍衛司法公信力的堅定意志，也希望所有黨員都能夠齊心協力，一起捍衛黨的聲譽，共同維持政局的安定。