5S一大亮點是Touch ID指紋辨識功能。Touch ID能精密辨識使用者指紋，使用方式簡單。5S一旦記住使用者指紋，手機主人便可以手指觸碰「Home」主按鍵解鎖，也可倚靠指紋登入iTunes商店等蘋果線上商店消費。
手機可一次儲存5組不同的指紋，且不管手指從哪個角度觸碰主按鍵，系統都可讀取。
iPhone 5S並不是首款搭載指紋辨識器的手機。摩托羅拉在2011年推出的ATRIX 4G就已經有這種功能，不過使用者反應一般，摩托羅拉之後的手機也沒有繼續搭載這種功能。
不過根據「華爾街日報」（WSJ）報導，至少1款今年發布的Android手機也會有指紋辨識功能。
搭配指紋辨識功能的筆記型電腦或是個人電腦已經在市面上販售好幾年，不過這項功能始終沒能普及，因使用者常抱怨難用且不可靠。
或許蘋果能夠扭轉這一切。
提倡通用安全認證工具的「快速辨識網路聯盟」（Fast Identity Online Alliance）總裁巴瑞特（Michael Barrett）表示：「指紋感應已經行之有年，現在大多都品質更優良，且也足以辨識『這到底是手指的圖案，還是真的手指』。」
不過他也認為指紋掃描還沒有臻至完美，不可能每次都辨識成功。且雖然可透過指紋辨識授權iTunes或蘋果商店消費，不過其他網路零售業者不太可能花數百萬美元，提升自家系統，以配合蘋果手機的這項功能。
哥倫比亞大學商學院數位行銷計畫主任羅傑斯（David Rogers）稱Touch ID是iPhone 5S「不錯」的新功能，但最終也只會是雷聲大雨點小。
他說：「Touch ID…或許可以成為殺手級的應用程式，但現在就只是讓你登入快個幾秒的功能而已。」
「如果能讓指紋辨識成為控制家中智慧型家電的密碼，這就真的會是個殺手級的程式。」
軟體安全公司Cigital的首席顧問霍普（Paco Hope）說，蘋果這項功能，能幫助大眾更加了解數位世界中的生物辨識技術使用。
霍普說：「民眾對生物辨識技術的了解，大多得自好萊塢電影。但當現在有人問起指紋掃描的重要性時，現在我們可以用iPhone作為例子。」