國民黨籍立委李慶華認為在此政壇紛擾之際，不適合進行核四公投，因而撤案。行政院要求經濟部長張家祝和李慶華積極溝通，充分了解情況，避免核四公投撤案。對此，張家祝11日上午在雲林參加公開活動時表示，「有機會，會去拜訪李委員」。
經濟部近來一再強調，當前最重要的工作是確保核四廠的安全，也正針對核四126個系統進行安檢工作，不會因為公投撤案而有所改變。經濟部核四辦公室副主任宋祥正：『(原音)截至9月6日為止，一共要再檢視的系統有126個，已經通過的系統有79個，完成檢視的有120個，其中有少數41個系統需再澄清。對於目前發現的問題，台電公司已經充分掌握，訂定解決時限，整個安檢工作預定明年6月底完成。』
核四的安檢工作是燃料裝填申請之前的必要項目，經濟部表示，目前會依照既定的工作排程進行，但如果立法院提出其他決議案，也會尊重立院的決議辦理。宋祥正：『(原音)如果安檢工作之後，按照既定工作排程，通過安檢之後，依照時程，必須跟原能會提出燃料裝填申請，依照原來工作進行；但如果立法院有一些，例如像是公投決議案的話，也會尊重立法院決議來辦理。』
經濟部指出，核四興建與否決定台灣未來的電力供需狀況，在還沒有通過安檢、確保核四安全無虞之前，絕不會提出燃料裝填申請。