環保署審查通過環評案之後，必須針對開發單位進行環境汙染的監督工作。根據統計，目前環保署列管的環評案件高達1千多件，包括機場、捷運、海底管線、六輕工業區等各式開發案。
由於部分開發案區域廣闊，例如台灣最大的石化工業區六輕就佔地2,603公頃；或是部分山區水庫位在偏僻地帶。為了掌握開發情況，環保署環境督察總隊從去年開始利用無人飛行載具進行空拍蒐證。環境督察總隊長陳咸亨說：『(原音)我想我們用無人飛行載具，因為它的機動性、範圍廣，在稽查方面對於大範圍的、人員不容易到的或是國土改變上，是很大的利器。』
陳咸亨說，目前先針對重大環評案件空拍監看，例如對六輕、中油三輕、中科三期等進行定期監督。督察總隊在六輕工業區空拍中發現，六輕的儲存槽共有3,129座，可是六輕報告的儲槽數量卻不到一半，為擔憂環境汙染，環保署依法要求六輕提出環境影響調查報告，案件正在審理當中。陳咸亨說：『(原音)環境影響調查報告是因為我們認為他那麼多儲槽在一起，對環境有他的影響，比如說化學品是不是有逸散、對土壤地下水是不是有影響，所以他必須要提出他的調查報告。』
陳咸亨表示，環保署10年來稽查了3,517件監督作業，自2011年開始依行政罰法加重裁處不法利得321件，裁罰金額高達新台幣5億多元。