根據民航局調查，當時遠航這架飛機降落馬公機場時，因雲很低，看不到跑道，依規定不適合降落，在遠航前後的其他航空公司飛機都返航，遠航卻冒險違規降落。
民航局調查也發現當時馬公跑道在整建，飛機須逆風落地，遠航駕駛卻未遵照落地程序，採順風落地，同樣嚴重違規，一不小心可能衝出跑道，危害機上人員生命安全，雖然飛機成功降落，但飛安不容許有任何僥倖。民航局標準組組長張羚悌說：『(原音)因為馬公正在修跑道，你使用順風落地事實上是存在風險，因為馬公的跑道很短，又是濕滑，如果你是順風的話就可能落地時若不是很小心的話，很可能發生所謂的出跑道的狀況。』
民航局指出，依據航空法罰則，決定開罰正副駕駛各新台幣6萬元，正駕駛降為副駕駛。遠東航空則表示，公司已懲處違規的駕駛，會加強訓練並嚴格要求遵守規定。