遠航復飛2年多，因營運準備金不足問題，已遭民航局開罰6次，累計罰金達新台幣1200萬元。民航局認為，遠航無改善誠意，考慮祭出更嚴厲處分。
遠航認為，營運準備金的計算方式不合理。不過，民航局說，計算方式是遠航在復航計劃中提出，遠航承諾重整階段，營運準備金每個月至少1億5000萬元。
葉匡時8月31日在遠航投資人張綱維邀請下，在接近下班時間，低調到遠航聽取營運狀況簡報，參觀維修棚廠並為員工打氣。
葉匡時說，他請民航局合理檢討遠航營運準備金計算方式，但尊重民航局的決定。
民航局說，針對遠航營運準備金提撥不足部分的單次罰金，已達民用航空法300萬元上限，且最高罰還罰了兩次，顯然罰金已非有效督促改善手段。
民航局6月起，已先要求遠航，兩岸不定期包機每個月最多只能飛5班。因遠航營運準備金提撥成效不佳，將依民航法向交通部提出限制遠航部分營運。
除了營運準備金提撥不足外，遠航的飛安表現也不理想，4月有3次飛安事件，維修能量也不足，迫使民航局對遠航進行深度檢查，至今還在改善中。
遠東航空在2008年5月，因公司財務危機停飛，民航局陸續收回國內線與國際線航權，2009年4月，法院同意遠航重整案。遠航向民航局提出復航計畫，並在2011年4月復飛。
至今遠航重整仍在進行，民航局則依據遠航提出的復航計劃書監督遠航的營運。