王榮昌透過辯護律師楊隆源表示，對檢方起訴一事感到很冤枉，因為檢方對他所提出的證據不予採信，感到遺憾，相信最終司法將會還他清白。
法界人士表示，王榮昌身兼兩所大學創辦人，卻從民國91年起，接連因案被起訴3次，期間還被判刑，創下台灣教育界與司法界紀錄。
起訴書指出，中華大學創辦人王榮昌（73歲）於89年另在台南市創辦立德管理學院，現改名為康寧大學，於87到89年創校期間，綜理各項籌備業務。
王榮昌明知共同創辦人王純德88年9月27日匯進自己帳戶的捐資350萬元，為學校設立之用，竟於同一天以支票匯進自己擔任負責人的凱利企業公司帳戶，代替另一家也是王榮昌當負責人的榮利電線電纜公司清償500萬元貸款。
王榮昌為掩飾此侵占犯行，以及部分捐款去向不明的窘境，指示有犯意聯絡的立德學院會計主任邱京君（檢方另案偵辦中），明知校方交易都以票據付款，而非現金，竟於取得廠商發票、開立遠期支票尚未付現時，虛偽登載交易已現金付款，並於票據兌現時，再次將該筆交易記在帳上，等於同一交易在帳上顯示2次付款，總數多達56筆，包括宿舍、行政大樓工程款等。
由於校方在89年7月發現並無款項退回，為弭平帳上與實際資產無法相符的窘境，王榮昌、邱京君於2個月後指示下屬虛偽製作傳票，表達捐款收入減少1億6857萬元，案經立德學院向檢方告發偵辦。